簡(jiǎn)介：
通過(guò)多組 GEO 數(shù)據(jù)集看差異基因的交集情況，對(duì)應(yīng)差異基因?qū)?yīng)的生物學(xué)功能，特定生物學(xué)功能相關(guān)基因的差異情況。
分析內(nèi)容：
1、 GEO 數(shù)據(jù)集預(yù)處理，包含歸一化，過(guò)濾低表達(dá)，PCA，樣本聚類(lèi)等
首先對(duì)數(shù)據(jù)預(yù)處理：歸一化處理（quantile 法），過(guò)濾低表達(dá)，PCA分析（看樣本是否離群）。
需要根據(jù)根據(jù)數(shù)據(jù)產(chǎn)生的方式（芯片還是測(cè)序）選擇適合的歸一化方法。
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上圖是樣本間的PCA圖，先預(yù)判樣本間的一致性以及是否有離群樣本
2. 如果是多個(gè)GEO數(shù)據(jù)，對(duì)不同的GEO數(shù)據(jù)的一致性進(jìn)行評(píng)估
適用于：>=3個(gè)GEO數(shù)據(jù)集
可以通過(guò)heatmap 的方式來(lái)展示數(shù)據(jù)間的一致性
這張圖需要ps 處理
圖中每行代表每個(gè)數(shù)據(jù)集，每列代表一個(gè)基因。可以清晰看出每個(gè)數(shù)據(jù)集基因表達(dá)的一致性。
3. 差異基因篩選
根據(jù)數(shù)據(jù)產(chǎn)生的方式（芯片還是測(cè)序）選擇適合的方法計(jì)算基因在組間差異的pvalue值。對(duì)差異倍數(shù)（Fold Change）以及pvalue設(shè)置合適的閾值篩選差異基因。
4. 差異基因 venn 圖
兩組差異基因 venn 圖
5. 對(duì)差異基因做功能注釋
GO 數(shù)據(jù)庫(kù)包含了基因參與的生物過(guò)程，所處的細(xì)胞位置，發(fā)揮的分子功能三方面功能信息。在基因 表達(dá)譜分析中，GO 常用于提供基因功能分類(lèi)標(biāo)簽和基因功能研究的背景知識(shí)。 利用 GO 的知識(shí)體系和結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，旨在發(fā)掘與基因差異表達(dá)現(xiàn)象關(guān)聯(lián)的單個(gè)特 征基因功能類(lèi)或多個(gè)特征功能類(lèi)的組合。
注：（A）GO富集分析。點(diǎn)的顏色漸變代表的是Pvalue的大小，點(diǎn)的大小根據(jù)該GO分類(lèi)差異基因數(shù)量漸變（B）KEGG通路富集。黃色線(xiàn)條表示該位置的pvalue=0.05。Up：上調(diào)，Down：下調(diào)。數(shù)字左側(cè)為差異表達(dá)基因數(shù)量，數(shù)字右側(cè)為該KEGG通路中差異基因的總數(shù)量。
6. 特定生物學(xué)相關(guān)差異基因篩選。
以特定的關(guān)鍵詞從 GO 、Pathway及其他相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)篩選對(duì)應(yīng)的基因，看這些基因在各個(gè)數(shù)據(jù)集中的差異情況。
以上僅描述了一種GEO數(shù)據(jù)整合的方法。通常可以根據(jù)課題的需要設(shè)計(jì)分析方案。
參考文獻(xiàn)：
【1】Jin Wook Yi et.al. Genomic evidence of reactive oxygen species elevation in papillary thyroid carcinoma with Hashimoto thyroiditis,2015
